Il restauro dei dipinti della chiesa di Şahinefendi ha restituito piena visibilità ad un vasto apparato pittorico, che era offuscato da uno spesso strato di nerofumo, svelando la presenza di quattro fasi pittoriche disposte perlopiù in palinsesto, databili dall’età protobizantina al XIII secolo.
Su tutte domina un’ampia e rara raffigurazione del martirio dei Quaranta Martiri di Sebaste nella navata nord (III fase, XI secolo).
La realizzazione del 3D con laser scanner e la documentazione fotografica e grafica hanno preceduto le operazioni di studio e di restauro delle superfici dipinte; le indagini scientifiche sono state mirate alla caratterizzazione dei fenomeni di degrado, allo studio della tecnica esecutiva e dei pigmenti; tra il 2007 e il 2012 la leggibilità dei dipinti, profondamente compromessa da un velo di nerofumo, è stata recuperata e assicurata grazie al delicato intervento di restauro. Il 28 settembre 2013, la chiesa e le sue pitture vengono riconsegnate alla Repubblica di Turchia, in un clima di festa, con la partecipazione delle autorità, della cittadinanza e degli addetti ai lavori. Oggi, la chiesa dei Quaranta Martiri a Şahinefendi è un monumento aperto alla fruizione di quanti vi accedono, dai visitatori alle guide, alla comunità locale.